庁連携比較修正で年金納付の情報を取り込みましたが、年金アクションが消し込まれません。

おそらく複数年度分納付した情報を庁連携で取り込まれたのではないでしょうか？
庁データ比較で取り込めるデータは、最終納付年＋最終納付年の納付日となっており、最終納付年より前にアクションができていても、該当アクションの法定期限は処理日が取り込まれず、期限が立ったままとなります。
そのため、最終納付年度より前に未処理アクションがある場合は、手動で処理日をご入力ください。なお、庁ファイル添付の場合は複数年分納付日を取り込めます。

【参考】前回5年度分を納付、6年度の年金納付アクションが立っている状態で　庁データ比較をした場合

1. 庁データ比較前
   
2. 差分を更新すると11年度の年金納付アクション作成キューができる
   
3. 6年度の法定期限は消し込まれず11年度の年金納付アクションができる