マスタの「有効F」のチェックを外しましたが、案件に登録されたままになっています。

システムの整合性を保つためマスタ自体は削除できない仕様となっており、マスタの「有効F」のチェックを外した場合でも案件に登録されたマスタの情報は削除されません。
案件に登録された情報を削除したい場合は、テーブルを編集状態にしてマスタの登録を削除してください。