出願時の出願人と権利化後の権利者が異なるケースがあります。どのように登録すればよいですか？

運用により管理方法は異なりますが、基本的には出願人テーブルに権利化後の情報を登録し、
過去の情報は「案件メモ」や各「備考欄」を活用していただければと存じます。
出願人テーブルは、レターや請求書に用いるため、今後利用する情報を登録します。

備考欄の場合は、例えば「出願手続」テーブルの「備考・出願」欄などが利用できます。

出願時の出願人も、検索することがあったり、レターに用いる場合は、出願人テーブルに登録することも一案です。
その場合は、「出願人種別」や「メモ」欄で判別しやすくするとよいでしょう。