仮想案件を一括で出願案件に変更できますか？

はい、できます。CSV操作＞案件データ＞案件書誌のインポート操作から可能です。
仮想案件検索等から対象の案件の社内整理番号を絞り込み、フォーマットを作成します。

意図せず不要なデータを上書きしないために、インポート基準列は社内整理番号にして、インポート対象列は「社内整理番号・案件種別」のみにするのがおすすめです。

なお、案件種別を「仮想案件」＞「出願」に切り替えた後は、必ず出願書誌の「ルート」と「出願種別」も更新してください。出願書誌はCSV操作のインポート操作に対応しておらず、一案件ずつ更新が必要です。