共同出願の案件で、印紙代が減免されています。実際に支払った印紙代を入力すると負担率が反映されてしまい入力したい数字になりません。

仮明細を2つ作成して、合算請求書を作成してください。
・負担率を反映させる手数料などの仮明細
・負担率を反映さない仮明細
　仮明細作成時、デフォルトでチェックが入っている「□負担率を小計計算に反映」のチェックをはずし、減免後の印紙代の金額を手入力します。