整理番号を年ごとに連番をふっています。新年になり0001から開始したいのですがどうすればよいですか？

案件を作成する前に、連番設定の「共通連番」を「1」に変更してください。1から連番がふられるようになります。
連番設定は、「メニューバー＞設定＞設定メニュー＞基本設定ー整理番号ルール/連番管理」で行います。